Storia
Durante la grande persecuzione contro i cristiani di Nerone del 64 d.C., che ebbe come scenario il circo di Caligola, subì il martirio anche San Pietro, crocifisso e deposto, come si legge nel Liber Pontificalis (I,118): via Aurelia […] iuxta palatium Neronianum, in Vaticanum (in Vaticano, sulla via Aurelia di fronte al palazzo di Nerone). Fra le testimonianze che identificano il luogo del martirio, un passo di Eusebio da Cesarea (IV secolo) cita una lettera scritta da Gaio a Proclo in cui il presbitero invita l’amico a venire a Roma : "al Vaticano e sulla via Ostiense, tu troverai i trofei di coloro che fondarono questa Chiesa". Proprio per l’importanza di questa testimonianza, l’edicola del II secolo, rinvenuta durante gli scavi nella Necropoli vaticana a protezione della sepoltura di San Pietro, è stata chiamata "Trofeo di Gaio". In seguito al proclama da parte dell’imperatore Costantino dell’Editto di Milano (313 d.C.), i cristiani ebbero la facoltà di costruire i loro edifici di culto: fu proprio Costantino che diede avvio nel 324 alla costruzione della Basilica che doveva inglobare il "Trofeo di Gaio" e fare della tomba di Pietro il fulcro della struttura. Consacrata nel 329, la grande Basilica si presentava come un edificio a pianta longitudinale a cinque navate e transetto. All’esterno una scalinata conduceva al quadriportico antistante la Basilica, noto anche come Paradiso, al cui centro si trovava una fontana per le abluzioni dei catecumeni identificata con la grande pigna di bronzo, ricordata anche da Dante nella Divina Commedia ("la faccia sua mi parea lunga e grossa / come la pina di San Pietro a Roma" Inf. XXXI 58-60) e oggi collocata nell’omonimo Cortile dei Musei Vaticani.
Fu in questa Basilica che, nella notte di Natale dell’anno 800, Carlo Magno, re dei Franchi, fu incoronato imperatore del Sacro Romano Impero; era in questa Basilica che fino agli inizi del 1300 affluivano masse di pellegrini provenienti a piedi da tutta l’Europa per venerare la tomba del "Principe degli Apostoli".
Con l’abbandono di Roma durante lo scisma avignonese (1309-1377), la basilica, che già aveva più di mille anni, cominciò ad avere sempre maggiori problemi statici e di conservazione. Non ci sono molte notizie sull’argomento, ma si è certi che il papa Niccolò V a metà del 1400 aveva fatto redigere all’architetto Bernardo Rossellino un progetto che prevedeva un nuovo coro, al di fuori dell’abside costantiniana: esso venne costruito parzialmente per un’altezza di circa un metro e mezzo.